Atık sulardaki 'koronavirüs haritası' belirlendi; Atıklardaki inceleme mutasyonu ortaya çıkardı

Marmara Üniversitesi Çevre Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi Doç. Dr. Bilge Alpaslan Kocamemi, "Mayıs ayında Türkiye genelinde virüsü görememeye başladık.  81 ildeki numunelerde, bıçakla kesilir gibi bütün analizler negatif sonuç vermeye başladı. Biz bunu çok ciddi araştırdık. Haziran, Temmuz, Ağustos aylarımız bununla geçti ve primeri değiştirdik. N1N2 bölgesine hitap eden primere geçtik. Aynı tarihlerde, dünyada da çıkmış olan yayınlar. O tarihlerde virüste bir mutasyon olduğunu çok net gösteriyor. Biz de numunelerimizi sekans analizine gönderdik, sonuçları bekliyoruz. O mutasyonu herhalde biz de bu sonuçlarda göreceğiz. Yani biz de atık sularda bu mutasyonu çok net olarak görebildik." dedi.

ÇALIŞMALAR NİSAN AYINDA BAŞLADI
Tarım ve Orman Bakanı Bekir Pakdemirli, Türkiye'de koronavirüsün dağılımına ilişkin detaylı bilgi edinmek ve erken uyarı sistemini geliştirmek amacıyla, Türkiye Su Enstitüsü Başkanlığı koordinatörlüğünde çalışma yapılacağını duyurmuştu. Nisan ayından bu yana devam eden çalışmalarda, Türkiye genelindeki atık sularda virüs taraması yapılmaya devam ediliyor. Virüsün yayılımının daha sağlıklı bir şekilde gözlemlenmesini sağlayan bu kapsamlı çalışmalarda Türkiye, Avrupa ve Afrika'da öncü ülke olarak anılıyor.

En büyük amaçlarından birinin yaptıkları ölçümleri vaka sayıları ile ilintilemek ve aralarında bir korelasyon kurabilmek olduğunu  söyleyen Marmara Üniversitesi Çevre Mühendisliği Bölümü Öğretim Üyesi Doç. Dr. Bilge Alpaslan Kocamemi, bunun erken uyarı sistemi için önemli olduğunu vurguladı. Asemptomatik vakaların fazla olması nedeniyle, toplumdaki koronavirüs yayılımını çok daha sağlıklı bir şekilde gösterilmesini sağlayan çalışmalarının güncel verilerini Doç. Dr. Kocamemi, Demirören Haber Ajansı'na (DHA) anlattı.

ATIK SULARDAKİ VİRÜS BÖLGE BÖLGE RENK SKALASI İLE GÖSTERİLİYOR
Nisan ayından bu yana devam eden çalışmaların sonucunda, Türkiye'deki koronavirüs yayılımını gösteren haritalar oluşturduklarını anlatan Kocamemi, şunları söyledi:
"Nisan ayında Tarım ve Orman Bakanlığı'nın başlattığı bir proje bu. Türkiye Su Enstitüsü koordinatörlüğünde.  Nisan ayında biz Türkiye'nin 81 ilinden numuneleri toplamaya başladık, Haziran ayına kadar bu toplama işlemleri devam etti ve bunlarda SARS-CoV-2 qPCR analizleri gerçekleştirdik. Bunun neticesinde, Nisan ayında başlıca 7 şehrimizde kovid-19 vakalarının yaygın olduğunu gözlemledik. O tarihlerde, haritadan da görüleceği gibi Güneydoğu ve Doğu Anadolu bölgelerinde, Karadeniz bölgesinde, Akdeniz'in özellikle doğu kesiminde çok fazla vaka yoktu.

Ağırlıklı olarak İstanbul, Bursa, İzmit, İzmir, Konya illerinde kovid-19 vakası daha fazla görmüştük. O tarihlerdeki demeçlerimde de belirttiğim gibi, bizim bir sonraki hedefimiz rutin analizler yaparak bir erken uyarı sistemi oluşturmaktı. Bu amaçla da biz 22 tane pilot şehir belirledik. Bu şehirleri belirlerken, haritada da gördüğünüz gibi, Sağlık Bakanlığı'nın belirlediği 12 tane bölgeyi baz aldık. Her bölgede en az bir şehir olacak şekilde, vakaların fazla olması beklenen bölgelerde ise birden fazla şehir belirledik. Ve şu anda Türkiye'de belirlenen 22 pilot şehirden 2-3 haftada bir numune alınıyor. Burada İstanbul'u hariç tutuyorum çünkü İstanbul'da hali hazırda vakalar çok fazla.

En fazla yoğunluğun olduğu yer baştan beri İstanbul'du. Onun için İstanbul'dan her hafta numune alıyoruz ve yine Devlet Su İşleri (DSİ)'nin yardımıyla, numunelerin qPCR analizleri gerçekleştiriliyor. Fakat raporlamada bir değişiklik yaptık çünkü anladık ki, bizim bu değerleri bu şekilde belirtmemiz, insanlarda bir hissiyat yaratmıyor. Bu amaçla da bir renk skalası belirledik. Aynı Sağlık Bakanlığı'nın yaptığı gibi, atık sulardaki bu virüs yayılımını haritalar üzerinde nasıl belirleriz skalası bu skala. Koyu yeşil vakaların çok yüksek olduğunu, açıldıkça da  vakaların azaldığını gösteriyor. Orada bir sarı renk görüyorsunuz, o sarı renk de bizim dedeksiyon limitimiz. Yani qPCR cihazının bir dedeksiyon limiti var. Bunun altındaki değerler ya o bölgede vakaların çok düşük olduğu ya da hiç olmadığı anlamına geliyor."

"MAYISTA ATIK SULARDAKİ MUTASYONU ÇOK NET GÖRDÜK"
Çalışmalar sorunsuz bir şekilde devam ederken, Mayıs ayında birden atık sulardaki virüsü görememeye başladıklarını ifade eden Kocamemi, o tarihlerde virüsün mutasyona uğramış olabileceğini dile getirerek şöyle konuştu:
"İlk önce İstanbul'un haritasından bahsedeyim. Burada haftalık olarak alınıyor ve iki adet arıtma tesisi belirledik. Bu arıtma tesisleri çok büyük, Avrupa'da emsali olmayan arıtma tesisleridir. Ambarlı Atık Su Arıtma Tesisi, Avrupa Yakası'nı temsil ediyor ve 1,5  milyon kişiye hitap ediyor. Paşaköy ise Anadolu Yakasını. Anadolu Yakasında 1 milyon kişiye hitap eden tesisler. Yani şöyle söyleyeyim, bu tesislerden bir numune alıp baktığınızda 1 milyon ve 1,5 milyon kişideki yayılıma bakmış oluyorsunuz.

Renk değişimlerini görüyorsunuz. Nisan ve Mayıs aylarına vakamız çok yoğundu, sonra bir azalma görüldü. Şu tarihlerde ise İstanbul'da vaka sayılarında artış olduğu renk skalasında da görülüyor. Aradaki boşluğun sebebi şu, biz qPCR'da RDRP genine hitap eden bir primer kullandığımızdan bahsetmiştik. Bu tabii çok teknik ama önemli bir bilgi. Virüsün bir genomu var ve bu genomun değişik bölgelerine hitap eden primerler var. Biz önce RDRP bölgesine hitap eden primerlerle çalışmaya başladık. Virüsü gayet de güzel redekt ediyorduk. Fakat sonrasında, Mayıs ayında Türkiye genelinde virüsü görememeye başladık.  81 ildeki numunelerde, bıçakla kesilir gibi bütün analizler negatif sonuç vermeye başladı.

Biz bunu çok ciddi araştırdık. Haziran, Temmuz, Ağustos aylarımız bununla geçti ve primeri değiştirdik. N1N2 bölgesine hitap eden primere geçtik. Aynı tarihlerde, dünyada da çıkmış olan yayınlar. O tarihlerde virüste bir mutasyon olduğunu çok net gösteriyor. Biz de numunelerimizi sekans analizine gönderdik, sonuçları bekliyoruz. O mutasyonu herhalde biz de bu sonuçlarda göreceğiz. Yani biz de atık sularda bu mutasyonu çok net olarak görebildik. Primeri değiştirdiğimiz noktada, virüsü hemen yakalamaya başladık."

"TRABZON'DA ŞU AN VAKA ÇOK AZ GİBİ GÖRÜNÜYOR"
Çalışmaları sonucunda oluştukları haritalara bakıldığında, Kasım ayı itibarıyla vakaların Türkiye geneline yayıldığını ifade eden Bilge Alpaslan Kocamemi, şunları söyledi:
"Türkiye geneline baktığımızda bu 3 harita artık bizim bütün çalışmalarımızı neticesini gösteriyor. İlk harita Mayıs, ikincisi Ekim, üçüncü harita ise şu anki durumu gösteriyor. Mayıs ayında sarı bölgeler, kovid-19 vakalarının olmadığı bölgeler. Daha çok belirli başlı illerde; İstanbul, Konya, İzmir gibi illerde varken, Ekim ayında bu vakalar Türkiye geneline bir yayılım göstermiş. Fakat Kasım itibarıyla bütün Türkiye geneline kovid-19'un yayılmış olduğunu bu haritalar ne yazık ki çok net gösteriyor. Trabzon ilinde şu anda ya vaka sayısı çok düşmüş vaziyette, ya dedeksiyon limitinin altında ya da vaka gerçekten yok gibi denecek kadar azalmış durumda. Tabii burada arıtma tesislerinin tipi de önemli. Trabzon ön arıtması olmayan bir il. Bunlar da faktör olabilir ama Trabzon'da şu an vaka çok az gibi görünüyor."

"ATIK SULARDAKİ TARAMA ASEMPTOMATİK VAKALARIN DAHA SAĞLIKLI DEĞERLENDİRİLMESİNİ SAĞLIYOR"
En büyük amaçlarından birinin, bu ölçümleri vaka sayıları ile ilintilemek ve aralarında bir korelasyon kurabilmek olduğunun altını çizen Kocamemi,  şöyle devam etti:
"Çünkü erken uyarı sistemi için bu çok önemli ve gerçekten vaka sayısındaki artış gözlenmeden, biz atık sulardaki artışı 3-4 gün önce gözlemlemeye başlıyoruz. Ama maalesef ki laboratuvar olanakları çok kısıtlı olduğu için, Tarım ve Orman Bakanlığı ciddi bir özveriyle laboratuvarlarını bize açtı ama yine de yetmiyor. Bu laboratuvarların kapasitesi ve sayısı daha faza olsa, o zaman rutin analizleri daha sık yapabileceğiz ve o zaman daha erken uyarı sistemi gibi çalışabileceğiz. Ama biz yine de vaka sayıları ile ilintilemeye çalıştık.  

Bildiğiniz gibi, Sağlık Bakanlığımız vaka sayılarını bölgesel olarak raporluyor. Biz de illerin bulunduğu bölgelerin vaka sayılarını bu tabloda, pembe sütun grafikleri vaka sayılarını, lacivert olan ise bizim ölçtüğümüz virüs yüklerini gösteriyor. Burada çok önemli iki şey var, İllerdeki yayılımın arttığını çok net görüyorsunuz. İller sayısı giderek artıyor. İkinci husus, vaka sayıları çok düşük olduğu zamanlarda bile, biz atık suda çok yüksek virüs konsantrasyonları görüyoruz. Bence bu çok önemli.

Siz vaka sayısını çok az zannediyorsunuz ama asemptomatik vakalar çok fazla olduğu için, siz bunu atık suda çok rahatlıkla görebiliyorsunuz. Atık sulardaki SARS-CoV-2 testleri size, toplumdaki kovid-19 yayılımını daha sağlıklı, özellikle asemptomatik vakaların daha sağlıklı değerlendirilmesine olanak verdiğini, bu iki grafik karşılaştırması bize çok net olarak gösteriyor. Bu sonuçları Tarım ve Orman Bakanımız  Bekir Pakdemirli'ye sunuyoruz. Kendisi de gereken değerlendirmeleri ekibi ile yapıyorlar."

EN FAZLA VAKA OLAN İLLER İSTANBUL, BURSA, ANKARA
Bu haritalar sayesinde bölgesel karantinaların yapılabileceğini vurgulayan Kocamemi, "Şu an en yüksek iller İstanbul, Bursa, Ankara. Samsun'da da biraz daha artış var. Doğu illerinde Ekim ayında bir yükseliş oldu. Fakat şu an bir azalışa geçti.  Tabii haftalık olarak çok ciddi değişimler olabiliyor. Doğu Anadolu ve Güneydoğu Anadolu bu şekilde değişti.  Mesela Elazığ'da Ekim'de çok yüksek değerler var, ama şu an açık yeşile dönmüş durumda Elazığ. Yani vaka sayılarında azalma var. Adana ve Mersin'de de azalma oldu.  

Şanlıurfa da çok yüksek bu arada. Van'da hiç yoktu, şimdi var. Bu haritaları daha hızlı bir şekilde oluşturabilirsek, bölgesel karantinalar yapılabilir. Bu karantinayı çift taraflı düşünmek lazım. Biz hep 'vaka sayısı yüksek olan şehirler karantinaya alınır' gibi düşünüyoruz ama aslında vaka sayısı düşük olan yerlerde de karantina yapılabilir. O şehri vakasız olarak muhafaza edebilmek adına. Mesela Trabzon ilinde şu an bir vaka yoksa, diğer illerle irtibatı kesilebilir" ifadelerini kullandı.

"TÜRKİYE'DEKİ KADAR KAPSAMLI BİR ÇALIŞMA AVRUPA'NIN HİÇBİR ÜLKESİNDE HENÜZ YOK"
Yaptıkları çalışmaların başka ülkeler tarafından çok büyük övgü aldığını ve Avrupa'nın hiçbir ülkesinde, atık sularda Türkiye kadar kapsamlı bir çalışmanın yapılmadığını dile getiren Bilge Alpaslan Kocamemi, şöyle devam etti:
"Çok büyük bir onurla söyleyebilirim ki Türkiye Avrupa'da, Afrika'da yürütülen çalışmalarda öncü ülke olarak anılıyor. Birçok webinar'a davet ediliyoruz. Bunlar çok büyük kapsamlı webinarlar. Örneğin iki gün önce ben Avrupa Birliği (AB)'nin bir webinarına davet edildim Tarım ve Orman Bakanlığı adına. Bütün Avrupa ülkelerinin SARS-CoV-2'nin atık sulardaki çalışmalarının sunulduğu bir webinardı. Ve inanın, çok büyük övgü aldık.

Türkiye'deki kadar kapsamlı bir çalışma Avrupa'nın hiçbir ülkesinde henüz yok. Bu anlamda öncü ülke olarak anılıyoruz. Bunu büyük bir gurur ile söyleyebilirim. Tarım ve Orman Bakanlığı da bu webinarlarda çok büyük övgüler alıyor. Yaptığımız çalışmaların dünyada bu şekilde lanse edilmesi çok gurur verici bizler için ama tabii en büyük maksadımız, bu çalışmaların ülkemiz için bir artı değere dönüşmesi. Bu anlamda da umuyorum ki yakın gelecekte Sağlık Bakanlığımız tarafından bu verilerimiz daha dikkatli bir şekilde incelenecek ve işlevsellik kazanacaktır. En büyük ümidimiz bu. Proje ekibi olarak, bir erken uyarı sistemi olup, şehirlerde bu analizlere göre lokal karantina önlemleri alınmasını ümit ediyoruz."